Danske Esther står i billedkunstlokalet på sin amerikanske skole i 2001, da allekaldet lyder. Hun er 11 og flyttet til New York året forinden. I kantinen bliver alle mellem- skolebørnene bedt om at dele sig i to grupper: Dem der har forældre, der arbejder i tvillingetårnene, og dem der ikke har. Esther føler sig udenfor. Alle hendes venner er i en anden gruppe end hende. Hendes forældre arbejder nemlig hjemmefra.

“Generation 9/11” handler om at få sit første kys efter 11. september. Om at føle sig fremmed i det land, man bor i, og om at få grineflip fordi Williams far pludselig går med pistol. Men den handler også om en ung arkitekt ved navn Minoru Yamasaki, der får til opgave at bygge et monument for verdensfreden midt i New York City. Året er 1973, og de to bygninger kalder de for World Trade Center: En repræsentation af menneskets tro på menneskeheden, som Minoru siger ved åbningsceremonien. Fremme i 2001 oplever Esther og hendes venner, at der begynder at gro to tårne i maverne på dem. To tårne, som bliver ved med at vokse.